V polovici 20. rokov 20. storočia zažila FC Barcelona konflikt, ktorý síce mal so športom máločo spoločné, ale poznačil ju na nasledujúce obdobie. Počas zápasu hraného 14. júna 1925 diváci spontánne spievali posmešky proti diktátorskému režimu Riveru. Z nariadenia vlády bol pre tento incident na šesť mesiacov zavretý štadión FC Barcelona. Neskôr bol tento trest zmiernený na tri mesiace a prezident klubu Joan Gamper bol donútený k abdikácii. O niečo neskôr v dôsledku osobných a finančných problémov upadol Gamper do depresie, čo ho viedlo 30. júla 1930 k spáchaniu samovraždy.
V Španielsku sa národná liga začala hrať v roku 1929 a hneď prvý titul získala FC Barcelona. Klub bol vďaka veľkému počtu členov vo veľmi dobrej finančnej situácii. Vďaka tomu mohlo vedenie kúpiť Hectora Scaroneho, útočníka klubu Nacional Montevideo a uruguajskej reprezentácie, s ktorou v roku 1930 získal titul majstra sveta.
Hoci sa klub snažil udržať si dobrých hráčov, ako bol napríklad Josep Escolà, nastalo obdobie úpadku. V tomto čase politické boje zatienili šport v celej spoločnosti. Klub sa ocitol vo finančnej, sociálnej a športovej kríze. Opustilo ho veľké množstvo členov. Tím síce vyhral Campionat de Catalunya v rokoch 1930, 1931, 1932, 193, 1936 a 1938, ale úspech na celonárodnej úrovni neprichádzal, okrem roku 1937, keď získala FC Barcelona veľmi sporný a dodnes diskutabilný titul.
Mesiac po začiatku občianskej vojny bol prezident klubu Josep Suñol i Garriga (tiež známy ako Josep Sunyol) zavraždený blízko mesta Guadalajara vojakmi Francisca Franca. V lete 1937 bol tím na zájazde v Mexiku a USA, kde ich prijal veľvyslanec druhej Španielskej republiky. V tomto období sa prehĺbila finančná kríza a preto polovica tímu hľadala exil v Mexiku a Francúzsku. 16. marca 1938 fašisti zhodili bombu na budovy klubu, čo klubu spôsobilo veľké straty. O niekoľko mesiacov neskôr sa FC Barcelona, symbol neposlušného Katalánska, dostala pod fašistickú okupáciu. Klub začal upadať, mal len 3 486 členov a čelil množstvu vážnych problémov.