Za založením klubu stál Švajčiar Joan Gamper. 22. októbra 1899 Gamper uverejnil v novinách Los Deportes inzerát, ktorý informoval o jeho snahe vytvoriť futbalový klub v Barcelone. Na gymnáziu Manuela Solého sa 29. nov
embra 1899, uskutočnilo stretnutie, ktorého sa okrem Joana Gampera zúčastnilo ďalších 11 nadšencov futbalu: Walter Wild, Lluís d’Ossó, Bartomeu Terradas, Otto Kunzle, Otto Maier, Enric Ducal, Pere Cabot, Carles Pujol, Josep Llobet, John Parsons a William Parsons.Na tomto stretnutí bol založený klub Football Club Barcelona.
V tomto období sa aj oficiálne schválili tradičné farby klubu, modrá a granátová (blaugrana). Dodnes však nie je jasné, prečo má FC Barcelona dresy vo svojej modro-granátovej kombinácii.
8. decembra 1899 odohrala Barcelona svoj prvý zápas. Toto stretnutie sa uskutočnilo na prenajatom štadióne Velodromo de la Bonanova a súperom bolo mužstvo, ktoré bolo zložené z Angličanov žijúcich v Barcelone. Barcelona tento zápas prehrala 0:1. Do konca roka 1899 Barcelona na rovnakom štadióne odohrala ešte ďalšie dva zápasy. Mužstvo výberu Katalánska zdolala na Štedrý deň toho istého roku 3:1 a o dva dni neskôr, 26. decembra, v reparáte zdolala výsledkom 2:1 tím zložený z Angličanov žijúcich v Barcelone. Prvý zápas mimo Katalánska hráči FC Barcelona odohrali o pol roka s klubom Madrid FC, ktorému podľahli 1:3.
V tom čase ešte nebola založená La Liga a tak FC Barcelona hrala katalánsky šampionát a aj Copa del Rey (Španielsky kráľovský pohár). V roku 1902 klub vyhral svoju prvú trofej Copa Macaya a tiež sa dostal do prvého finále Copa del Rey, v ktorom prehral 1:2 s klubom Vizcaya.
Prvý zápas mimo Španielska odohrala Barcelona 1. mája 1904 na „Stade Olympic“ v Toulouse a vyhrala ho v pomere 3:2. S FC Toulouse nadviazal katalánsky klub dobré vzťahy, čo viedlo k dohode o zorganizovaní aj ďalšieho priateľského zápasu, ktorý sa odohral 26. mája 1904 a Barcelona vyhrala 4:0.